Dans les sous-bassins hydrographiques (SBH) Meuse amont et Oise, 35 zones du réseau européen Natura 2000 sont partiellement ou totalement localisées sur ce territoire et couvrent 35.538 hectares, soit 17.7% des deux SBH. Les sites les plus importants sont rencontrés dans les bassins versants de l’Hermeton (Bassin fagnard de l’Hermeton), de la Houille (Vallée de la Houille en aval de Gedinne, Vallée de la Hulle), de l’Eau Blanche (Massif forestier de Cerfontaine, Vallée de l’Eau Blanche à Virelles), du Viroin (Calestienne entre Frasnes et Doische) et de l’Oise (Massifs forestiers entre Momignies et Chimay). Plus de 832 kilomètres de tronçons de cours d’eau sont situés à l’intérieur de sites Natura 2000, ce qui représente 32.1% du linéaire total des cours d’eau des deux sous-bassins.

Outre ces zones, 413 Sites de Grand Intérêt Biologique (SGIB) sont également recensés sur le territoire du CRHM. Certains de ces sites sont fortement liés au monde aquatique, telles les vallées forestières (eaux vives et milieux rivulaires), les zones humides (eaux stagnantes), les carrières et les sablières (eaux stagnantes temporaires) mais également les reliefs karstiques creusés par l’eau dans les massifs calcaires (cf. Figure 5).

Tous ces biotopes naturels renferment des espèces animales ou végétales à haute valeur environnementale : de nombreux poissons (truites, chabots, anguilles…), des macro-invertébrés (moules perlières, mulettes…) et insectes (libellules…), des batraciens et reptiles (tritons crêtés, crapauds calamites, couleuvres à collier…), des oiseaux (martins pêcheurs, cincles plongeurs, hirondelles des rivages…), des mammifères (chauve-souris…) et de nombreuses plantes vasculaires (trèfles d’eau, myriophylles en épis, végétation liée aux mégaphorbiaies, aulnaies et frênaies alluviales…).

 Figure 5 : Zones Natura 2000, SGIB et sites karstiques dans les SBH Meuse amont et Oise